不少人认为，人们呼出的难闻气味是口腔疾病或早晨忘了刷牙所致。然而，现代医学已经证明很多全身性疾病，如肝、肺、肾、胃有病也会引起口臭，如果经常出现要寻找病因。
腐腥臭——肺癌。
肺部感染、支气管炎、肺脓肿、慢性气管炎、肺炎、肺气肿甚至肺癌都会引起不同程度的口臭。这些气味多由积攒于肺部的黏液所致。其中，肺脓肿患者常伴有腐酸性口臭，这类患者往往有发烧、脓性痰等，胸片检查一般能确诊；肺结核咯血、支气管扩张咯血者常出现血腥味口臭；晚期肺癌患者常于口腔及呼气中出现腐腥臭。
值得一提的是，烟民往往多有一种让人容易识别的口臭。即使不吸烟，其他人也能通过口臭判断他是个烟民。这类口臭是留存于肺部解剖死腔的烟雾随着烟民的呼吸运动逐步呼出，产生带着“烟味”的口臭。当烟民同时患有肺部疾病时，由于死腔体积进一步增大乃至产生病理死腔，其臭味可能更为显著。
腐败味——上呼吸道疾病。
鼻窦炎、扁桃体炎和咽喉炎等上呼吸道疾病都会分泌大量含蛋白质的黏液，部分形成鼻涕，剩下的从鼻道流入口咽部。这些黏液部分黏附于舌根后部或口咽部，当蛋白质分解后，就会产生腐败味。
酸臭味——胃病。
胃幽门部狭窄或梗阻时，食物在胃内留置时间过长，会产生酸臭腐败的气味，通过口腔散发出来。反流性食管炎等胃病还可导致病理性口臭，黏附在口腔、咽喉部位的呕吐物不停释放“酸气”。通常在积极治疗胃病后，口臭能得到显著改善。
烂苹果味——糖尿病丙酮酸中毒。
当一个人血糖超标，未加控制时，体内的脂肪分解，就会产生酮体，其中的α-酮戊二酸会发出一种酸酸的烂苹果味道。当呼出这种气味时，患者体内的酮体浓度已经非常高了，接近或达到糖尿病酮症酸中毒的水平，需要及时就医，否则会有生命危险。
尿臊味——尿毒症。
尿臊味多是患有慢性肾炎或肾病的患者发出的。病程进展到慢性肾功能衰竭阶段(俗称尿毒症)时，由于无尿，某些毒性物质不能排出体外而潴留于血中，就会使病人呼出的气体散发出尿味，这是病情趋于危重的信号。
排泄物臭味——肝衰竭。
肝衰竭时，肝脏代谢能力减弱，分解毒素的能力下降，导致血氨升高，使口中出现略带甜味的排泄物臭味，又被称为“死亡的气息”。体内某些支链氨基酸代谢能力减弱，还会导致烂苹果味。
此外，还有些口臭是心理疾病所引起的，如自主神经失调导致的焦虑、失眠或某些精神疾病。
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